森谷美铃（伊藤美来配音）是一个非常腼腆的女孩子，生活里，她总是躲在暗处，似乎不愿意和任何人扯上关系。实际上，森谷美铃非常的渴望友情，她有一项特异功能，那就是能够让时间停止3分钟。在这3分钟里，美铃总是会好奇心慢慢的去研究身边那些陷入了静止状态中的人们。一天，美铃故技重施暂停了时间，这一次，她没有忍住偷看了名为村上遥（宫本侑芽配音）的女生的内裤。村上遥是班上公认的美少女，不仅拥有好看的外表，成绩也是数一数二，在校园里人气极高。让美铃没有想到的是，她的偷窥举动竟然被村上遥全部看在了眼里，村上遥竟然不受时停的控制。

哆啦A梦与大雄驾驶具有时光跳跃机能的“时光齐柏林飞船”，为了寻找自古以来许多冒险家梦寐以求的亚特兰提斯和龙宫城等每个人都曾想像过的梦幻乌托邦，在空中展开了一场大冒险。

小行星撞击地球，主要大地受到名为「忍」（シノビ）的毒害，形成异形攻击人类，人们只能逃向以前是海底的「海陆」；拯救的方法唯有复活「机神将」（机神将（ギガロード））。约五百年后，亡国「伊势」的公主巫女雨、与拥有人间兵器「柳生」（ヤギュウ）之血的少年周防二人挺身而出……