森谷美铃（伊藤美来配音）是一个非常腼腆的女孩子，生活里，她总是躲在暗处，似乎不愿意和任何人扯上关系。实际上，森谷美铃非常的渴望友情，她有一项特异功能，那就是能够让时间停止3分钟。在这3分钟里，美铃总是会好奇心慢慢的去研究身边那些陷入了静止状态中的人们。一天，美铃故技重施暂停了时间，这一次，她没有忍住偷看了名为村上遥（宫本侑芽配音）的女生的内裤。村上遥是班上公认的美少女，不仅拥有好看的外表，成绩也是数一数二，在校园里人气极高。让美铃没有想到的是，她的偷窥举动竟然被村上遥全部看在了眼里，村上遥竟然不受时停的控制。

小行星撞击地球，主要大地受到名为「忍」（シノビ）的毒害，形成异形攻击人类，人们只能逃向以前是海底的「海陆」；拯救的方法唯有复活「机神将」（机神将（ギガロード））。约五百年后，亡国「伊势」的公主巫女雨、与拥有人间兵器「柳生」（ヤギュウ）之血的少年周防二人挺身而出……