哆啦A梦与大雄驾驶具有时光跳跃机能的“时光齐柏林飞船”，为了寻找自古以来许多冒险家梦寐以求的亚特兰提斯和龙宫城等每个人都曾想像过的梦幻乌托邦，在空中展开了一场大冒险。

小行星撞击地球，主要大地受到名为「忍」（シノビ）的毒害，形成异形攻击人类，人们只能逃向以前是海底的「海陆」；拯救的方法唯有复活「机神将」（机神将（ギガロード））。约五百年后，亡国「伊势」的公主巫女雨、与拥有人间兵器「柳生」（ヤギュウ）之血的少年周防二人挺身而出……

科研潜艇“逗号”，是科幻小说《地心游记》的铁杆粉丝。为研究海底神秘物质,跟着叔叔地质学家“铁石号”深潜马里亚纳海沟，意外被卷入洞穴迷宫来到巨大未知世界并发现远古生物，开启了超乎想象的海底地心探险。