1929年，天津，警察厅厅长儿子廖盛辉被一神秘人牵扯进一个精心布好的迷局，指引他一步步去探寻14年前圣南孤儿院大火所掩藏的秘密，一批来历不明的敦煌文物，一件震惊全市的连环毒杀案，共产党、国民党、日本人、北洋军阀等多方势力都介入这场迷局展开角斗。 廖盛辉的解谜之路困难重重，他面对的是强有力的对手——心思缜密的国民党特工曾家扬、身手不凡的日本忍者郁子。随着谜题逐步解开，日本人和国民党的罪恶目的暴露无遗，可真相却让廖盛辉难以承受：他和曾家扬、郁子都是当年孤儿院的伙伴。最终分属不同阵营的三人携手共同抗敌，却无奈遭到失败。1937年抗战全面爆发，已经成长为坚定的共产主义战士的三人再度重逢，他们携手走上了抗日救亡的新战场。

本剧将延续《家有爹娘》第一部的整体风格，继续讲述王家三世同堂的情感故事。该剧以贴近百姓生活、反映当下社会现状，展示普通人婚姻状况和家庭情感的现实生活为出发点，通过表现价值观念与生活背景迥异的两代人对生活各自不同的态度，显示出极强的现实意义。 王家二媳妇田一的怀孕重新点燃了王起孟（张炬饰）抱孙子的希望，全家人为小生命的到来积极做着准备，然而两代人对怀孕的不同想法也造成了不少误会。随着一个漂亮孙女的诞生，王起孟却郁闷得病倒了……侯淑云（严敏求饰）和王起孟商量，想让前大儿媳刘颖、孙女兰兰、外孙女小桃早日结婚，为他们生个男孩续接香火。 英俊洒脱、才华出众的服装设计师王学兵（张智尧饰）欣赏公司女老板刘颖（朱琳饰）的气质和美丽，穷追刘颖。刘颖犹豫再三，终于鼓起勇气接受这份难得的爱情。当他们就要宣布结婚时，刘颖却发现自己的女儿兰兰一直暗恋王学兵。母女俩爱上同一个男人，令她们陷入感情的痛苦煎熬中，也让王家上下闹翻了天。经过一段时间痛苦的折磨，兰兰和刘颖都把对方的幸福看成是自己最大的幸福，刘颖拒绝了王学兵的爱情，兰兰则决定同男友秦海订婚。在兰兰和秦海的订婚仪式上，王起孟兴奋地催兰兰快要孩子，可是秦海却回答他不想要孩子……

1950年，大业初定，但在新中国的边陲狼烟仍未散去，境外势力蠢蠢欲动，时刻蓄谋颠覆新政权。在这关键时刻，中国人民解放军总参谋部接到一份绝密情报，国民党军统特务机关高官陈荃（舒耀瑄 饰）意欲投诚，而他随身携带的3份绝密文件关系着新中国乃至整个中华民族的命运。为了护送陈荃安全抵京，总参谋部命令陆超（王新军 饰）带领他的7人小分队前往广西边陲接应。与此同时，得知消息的军统也派出暗杀小组追踪陈荃。 在这充满艰险的护送之旅上，陆超和战友不得不与来自台湾的杀手展开连番搏斗。一场攸关祖国命运的暗战慢慢拉开了序幕……

秦御遭遇新政危机，颜一一挺身而出，挫败了太后的阴谋！秦御对颜一一更加爱慕，而在身陷危险时秦御的舍生相救也让颜一一有些心动！但冷宫任务迫在眉睫，颜一一决定撮合原书女主与秦御，使剧情重回正轨！

抗日战争时期 ﹐日本制定了一系列恶毒的计划﹐妄图陷害抗日的中国将领﹐企图发动太平洋战争﹐并暗地寻找中国的铀矿资源﹐为制造原子弹作准备。打入敌人内部的袁飞﹐被组织怀疑为叛徒﹐他利用聪明才智证明自己的清白﹐他和在他被解救之下加入中国共产党的侠女欧阳雯﹐国民党军统上海站领袖申剑﹐以及来自苏联和世界的反法西斯联盟特工并肩战斗﹐破坏了日军的“920计划”﹑“海计划”﹐并最终取得了日军制造原子弹的426秘密档案。欧阳雯在执行任务的过程中发现了自己的身世﹐她与自己的生母﹑化名梅若兰的日本特务刀枪相对﹐在国恨家仇与骨肉亲情的抉择中﹐她毅然选择了民族大义﹐却遭到梅若兰的枪杀﹐壮烈牺牲。袁飞最后也将隐藏在共产党高层潘和平身边的日本特务华广奇就地正法。