上世纪30年代的汕头，王历文（王千源 饰）在执行任务的过程中意外重逢昔年好友陈家栋（陈伟霆 饰），两兄弟联手调查隐秘任务，神秘人的出现打乱了原本的计划。随着调查深入，兄弟二人之间的角力日渐明显。暴风已至，漩涡中的每个人都在竭力扳回一局……

承接《潜行狙击》电视剧结局，梁笑棠Laughing（谢天华饰）谋杀苏星柏（黄宗泽饰）罪名成立，判处无期徒刑；梁笑棠在狱中结识大学教授霍天任（吴镇宇饰），教授外表斯文，与世无争，但却能以心理陷阱收服穷凶极恶的 “巨川”（林雪饰）。其实教授是高智商的犯罪心理学家，擅用冷读法，可以洞悉对方心理活动和秘密，于无声中掌控他人。 神秘女子（文咏珊饰）到狱中探望梁笑棠，其隶属比警队更高层次的保安局，原来，梁笑棠入狱是再次担当卧底角色。当日，杀苏星柏是另有其人，保安局副局长（麦长青饰）怀疑整件事跟潜藏警队中的黑警团伙有关，所以借势令梁笑棠入狱展开调查。 梁笑棠亦步亦趋主动接触狱中目标人物前毒品调查科警长“大切”（杜汶泽饰）在将要取得进展时，发现教授亦同时以心理治疗法，令“大切”多次精神错乱，直至向“大切”发出了死亡暗示。 一场敌友难分、正义与邪恶的生死对决在实力极不均衡的态势下火爆展开了。

做生意的女强人顶姐因签错文件入狱，一开始就与狱中的前辈波嫂发生冲突，又不喜监狱管理制度，被人孤立。凯莉主动帮助她适应新环境，更因此结识了为人善良，心系女儿又照顾狱中姐妹的博妈。 为解决狱中卫生巾不足的问题，顶姐发挥做生意的头脑、与博妈利用各工队协助的力量，尽力为狱友们解决问题，并协力维护和平的女监环境，顶姐更因此赢得了大家的欢迎。但没想到，女监恶霸劏猪环再度入狱，马上破坏了监狱的和谐。为了成为狱中老大，劏猪环设局陷害顶姐和波嫂，令原本对立的二人被罚独立囚禁一星期。两人于这期间难得地交心言谈，拉近了彼此的距离并成为知心好友。 博妈即将出狱，却意外发现女儿波波入狱。波波埋怨博妈多年没尽到母亲的责任，不愿与博妈亲近，博妈悲痛万分。在一次劏猪环责难波波泄愤期间，博妈为了保护波波而去世。此举激怒了波波和众人，她们决心共同抵制劏猪环、让监狱回到往日的和平与宁静。

故事主角是一名自小习武的寒门青年，受弥留的奶奶所托寻人，而其后他于危难中救下孤儿寡母。此举却让他陷入两难，是继续尽快找到奶奶想见之人了其挂念，还是冒着让奶奶含恨而终的风险，先帮孤儿寡母躲过坏人捕猎，渡过难关？

《极斗4之暴杀令》故事讲述香港的家庭暴力和女性被侵犯事件，各人对事发的反应，当中有人选择以暴易暴，替天行道，其实为社会和法律不容，因为香港无蝙蝠侠，不可以执行私刑，其实电影带出社会问题令人反思。《极斗3之雅博渡口》是「与神格斗」后，这次《极斗4之暴杀令》是「与仇恨格斗」，电影主题与性侵犯有关，并表明调子相当灰暗。“极斗4之暴杀令”有点像80年代经典电影【山狗】，山姆哥借电影致敬。

宋末年间，在山东梁山泊，以宋江为首，聚集了108名好汉，打着替天行道的旗帜，劫富济贫，深得民心，势力日益强大。朝廷中太尉高俅与梁山人马素有积怨，更见其实力雄厚，惟恐他日对己不利，所以多次起奏徽宗皇帝，诬告宋江等人图谋造反。徽宗大怒之下，派兵征讨梁山泊，官兵千军万马水陆围攻，奈何梁山水泊相隔，地势崎岖，占尽地利人和，攻守无懈可击，令官兵屡战屡败。朝廷为之震惊，群臣纷纷起奏皇帝招安梁山人马，同时宋江也有意归顺朝廷，名妓李师师从中引线，安排此事，同时和浪子燕青发生了一段千古奇情。