科研潜艇“逗号”，是科幻小说《地心游记》的铁杆粉丝。为研究海底神秘物质,跟着叔叔地质学家“铁石号”深潜马里亚纳海沟，意外被卷入洞穴迷宫来到巨大未知世界并发现远古生物，开启了超乎想象的海底地心探险。

森谷美铃（伊藤美来配音）是一个非常腼腆的女孩子，生活里，她总是躲在暗处，似乎不愿意和任何人扯上关系。实际上，森谷美铃非常的渴望友情，她有一项特异功能，那就是能够让时间停止3分钟。在这3分钟里，美铃总是会好奇心慢慢的去研究身边那些陷入了静止状态中的人们。一天，美铃故技重施暂停了时间，这一次，她没有忍住偷看了名为村上遥（宫本侑芽配音）的女生的内裤。村上遥是班上公认的美少女，不仅拥有好看的外表，成绩也是数一数二，在校园里人气极高。让美铃没有想到的是，她的偷窥举动竟然被村上遥全部看在了眼里，村上遥竟然不受时停的控制。